Bonaparte Napóleon egyiptomi expedíciója 200 éves évfordulója alkalomából Franciaország és Egyiptom megegyezett abban, hogy 1998 Franciaország éve lesz Egyiptomban, s viszonzásul a franciák Egyiptom éveként fognak megemlékezni az idei esztendőről.
A feltárulkozó Egyiptom a művészeket is megihlette, Vivant Denon báró, Dutertre és Conté több szögből is lerajzolják a piramisokat. Mérnökök is megkezdik a piramis együttes tanulmányozását, de azokat nem tartják többre puszta építményeknél. Majd Grobert tüzérségi tiszt s Edme-Francois Jomard mérnök-geológus próbálják meg behatárolni a piramisok pontos adatait, de felméréseik pontatlanok maradnak. Végül 1799 decemberében a csillagász Nouet-nek sikerül pontosabb számításokhoz jutnia, melyeket hivatalosan be is nyújt az Egyiptomi Intézetnek. 1800-ban újabb kutatók és spekulánsok is végeznek méréseket, ásatásokat. Felfedezik az első épen megmaradt múmiákat is. Miután a kutatások szervezetlenek, gyakran amatőrök végzik, egyre sürgősebb problémaként jelentkezik az áthangolt, szakmai vezetés igénye. E hiányt próbálja orvosolni Menou tábornok (aki annak a Klébert-nek a helyébe lépett a keleti csapatok élén, akit az iszlám nevében Szulejmán-al-Halabi 1800 júniusában meggyilkolt), amikor 1801. január elsején megindítja a gízai és a szakkarai régészeti ásatásokat, melyek vezetésével szakembereket bíz meg, az építész Jean-Baptiste Lepére-t és a fizikus JeanMarie Joseph Coutelle-t. Az ásatások programtervét az Egyiptomi Intézet dolgozza ki, Lepére írja elő a szükséges eljárásokat és mérőszerszámokat, melyeket külön műhely készít el. Munkájukat 150 fős egyiptomi munkásokból álló csapat segíti. A Kheopsz piramis külső és belső térvizsgálatairól készített tanulmányukat októberben már az intézet elé tárják.
A tudományos munkát a történelem szakítja meg. Menou csapatait 1801. március 21-én az angolok megverik, Kairót angol–ottomán csapatok foglalják el. Az egyiptomi lakosság számára a francia megszállás hátrányos volt. A lakosság nagy részének szemében a keresztény franciák az iszlám ellenségeinek számítottak. A megszálló csapatok az ország gazdasági vérkeringését zavarták meg új adók kivetésével, jelenlétükkel megszakították az Egyiptomon áthaladó nemzetközi kereskedelmi útvonalat, melyből befolyó javak a terület fő gazdasági bevételének számítottak. Különösen nehéz volt a helyzet 1798–99-ben a Nílus-völgyében, ahol a mamelukok által feltüzelt egyiptomi parasztok folyamatos ellenállást tanúsítottak, szabályos gerilla-harcot folytatva. Némi javulás akkor mutatkozott csak, amikor 1800-ban a francia csapatok elfoglalták Felső-Egyiptomot és Közép-Egyiptom jó részét, s ennek köszönhetően Klébernek sikerült szövetségesi szerződést kötnie a mamelukokkal.
Az ellenállás azonban továbbra is folytatódott. Kairóban két felkelést (1798, 1800) robbantottak ki, mindkettőt elfojtották, az áldozatok száma több ezer volt. A felkelők többségét kézművesek, kereskedők és a városi szegénység alkotta. Természetesen voltak “kollaboránsok” is, igaz csekély számban, ők főként az államapparátus hivatalnokaiból kerültek ki.
Az egyiptomi hadjárat kulturális és tudományos jelentősége azonban kétségkívül igen jelentős volt. A kutatások megindulásával, az Egyiptomi Intézet létrehozásával megkezdődhetett Egyiptom történetének sokrétű tanulmányozása.