A Budai Várhegy várfalakkal határolt mintegy 40 hektáros felülete sasbércként helyezkedik el a Duna és az Ördögárok által vájt völgyek között. A hegy fõ alkotótömege az ún. budai márga. Ez az agyaghoz hasonlatos anyag jó teherbíró képességû, de víz hatására elveszti állékonyságát, teherbíró képessége negyedére, harmadára csökken.
A földtörténeti negyedidõszakban még a mai hegytetõ szintjén folydogáló Ördögárok kavicsos hordalékot, majd az itt feltörõ melegvizû források 7-12 méter vastag mésztufatakarót terítettek a márga felszínére. Ez a kemény kõzetréteg akadályozta meg a Várhegy késõbbi lepusztulását. Az édesvízi mészkõ a Szentháromság tér környékén a legvastagabb.
Az évezredeken át tartó hévforrásmûködés nemcsak a mészkõ tömegét gyarapította, hanem a felszín alatt oldalirányban is áramolva üregeket, barlangokat oldott ki a márga és a mészkõ határán. Ilyen, mésztufában kialakult barlangok világviszonylatban is ritkaságnak számítanak. Az egymástól független kis barlangok száma eredetileg száznál is több lehetett. A legelterjedtebb üregek a Szentháromság tér körzetében voltak.
A Várhegyen már a Budai Vár megépítése elõtt is laktak emberek. E középkori falu lakói valószínûleg kútásás során bukkantak rá a mélyben rejtõzõ barlangokra. A természeti adottságokat kihasználva, lejáratokat vájtak az üregekhez és pincévé mélyítették azokat. A barlangi kutak átvizsgálásakor a XI-XII.századra utaló leleteket találtak. Feltételezik, hogy a várhegyi település házainak elrendezése is ezekhez igazodott.
IV.Béla a tatárjárás után, 1247 tavaszán elrendelte a Budai Vár, a király új székhelyének megépítését. A kora-középkori városépítõknek két célja volt: megvédeni a lakókat a külsõ ellenségtõl és egyidejûleg biztosítani az élethez elengedhetetlen feltételeket falon belül. A külsõ védelmet az akkor 5-10 méter magas várfalak biztosították, míg a vízellátásra a Várhegy barlangjaiban található víz volt a legalkalmasabb. A barlangpincék kútjai még ostrom idején is iható vizet szolgáltattak. A házak alatt található üregek más célra is hasznosíthatók voltak: élelmiszer tárolására, az idegenek - vagy éppen az adószedõk - elõl az értékek elrejtésére. A török korban közülük nem egy jégveremként szolgált.
Fontos funkciója volt a barlangoknak tüzvészek, háborúk, ostromok idején. Van olyan vélemény is, hogy a védők képesek voltak csapataikat átcsoportosítani a föld alatt. Több leírás szól arról, hogy a védők a várfalak oldalába kivezetett barlangokból kitörve támadtak az ostromlókra.
Találóan jellemezte a Várhegyet Evlija Cselebi, a híres török utazó, amikor feljegyezte: "A Budai Vár belülről üres." Rebesgették, hogy egy-egy budai pasa megunt háremhölgyeit a mélyben falaztatta el. Sokan eredtek török kincsek után is a Várhegy gyomrába. A mai kor kutatói, szakemberei sem megunt háremhölgyet, sem kincseket nem találtak ezeken a helyeken, legfeljebb rozsdás sarkantyúkat, cserépdarabokat, régi ágyúgolyókat. A múlt századra a barlangpincék nagy része feledésbe merült. A képzelet "fekete grófok" tanyáit, szellemek lakóhelyeit képzelte a föld alá. Az elhanyagolt üregek egyre több gondot is okoztak. Az útbeszakadások miatt -az 1800-as évek végén- elrendelték a pincerendszer felmérését. Végül határozatt született, hogy a vári üregeket törmelékkel, szeméttel, földdel be kell tömni.
Századunk harmincas éveiben ismerte fel Kadic Ottokár, a kor legkiemelkedőbb barlangkutatója, hogy a "törökpincéknek" nevezett üregek valójában természetes mésztufabarlangok. Tervet készített a barlangpincék kitisztítására és bemutathatóvá tételére, amelyhez elsőként az I. kerületi elöljáróságot sikerült megnyernie. A főváros 1935-ben a Magyar Barlangkutató Társulatra bízta budavári barlangpincék feltárását. Várhegyi Barlangbizottság alakult. Még ebben az évben megnyitották az elöljáróság épületéből induló lejáraton keresztül a nagyközönség előtt a barlangrendszer egy részét a Szentháromság utca alatt. Mesterséges áttörésekkel és "altárók" vájásával egyre több üreget kapcsoltak össze. Egy ilyen átjáró kialakítása során fedezte fel Kadic azokat a kezdetleges kovaeszközöket is, amelyek tanúsítják, hogy a hajdani melegforrások környékén már az ősember is megtelepedett.
A háború kitörése után a pincékből óvóhelyeket alakítottak ki, az idegenforgalmat megszüntették. A várfennsík középső részén új járatok nyitásával, a meglévő üregek megerősítésével több kilométer hosszú óvóhely-labirintust hoztak létre. Ekkor épült meg a mai napig működőképes Sziklakórház. A második világháborúban egyes adatok szerint több, mint 4000 ember talált menedéket a Vár alatti pincerendszerben.
A több mint négy kilométeres kiépítettségét az ötvenes években érte el. Nagy része titkos objektumnak számított. A korszerű polgári védelmi igényeknek ma már nem felel meg. A barlangkutatók a 60-as évek elején kiharcolták, hogy újra megnyíljon az idegenforgalom számára, ám 1975-ben -pénzhiány miatt- be kellett zárni. 1982 óta hazánk fokozottan védett barlangjai közé tartozik.
1985-ben a felszínen jelentkező hatások, útbeszakadások, süllyedések újra ráirányították a figyelmet a barlangrendszer által okozott gondokra. Átvizsgálták a labirintus-rendszert, a szükséges helyeket megerősítették, a vári forgalom csillapítására forgalomkorlátozásokat vezettek be.
Ma elsősorban a független barlangpincék károsodásai okoznak gondot. Ezek közül sajnos sok ismeretlen helyen és állapotban van. Betömedékelt voltuk miatt ellenőrzésük, felülvizsgálatuk sok energiát és pénzt igényel. Helyük sokszor csak a lakók elbeszélése vagy régi térképek alapján határozható meg, nem egy közülük II. világháborús törmelékkel van tele.
A középkori barlangpincék hangulata a rajtuk végzett átalakítások ellenére megőrződött. Eredeti képük jól megfigyelhető a Várnegyed északi részén található több mint ötven független barlangpincében. A vári pincerendszer hármas tagozódású: a lakóházakhoz kapcsolódó épített pincék alatt mésztufába vájt, boltozott középkori mélypincék helyezkednek el. Ezekből vezetnek a lejáratok a természetes barlangokba. Ez utóbbiakat a régi kor emberei csak kimélyítették de néhol megerősítésre utaló pilléreket és boltíveket is találunk. Az oldalfalakon a Várhegy teljes geológiája megfigyelhető: egyes helyeken a márga, máshol a hajdani Ördögárok kavicsos, agyagos üledékei tárulnak fel. Mély kútjaik a hegy hidrológiai viszonyaiba kínálnak betekintést.
